《管理办法》于2000年制定，并于2006年修订，是规范证券结算风险基金管理和使用，保障证券结算系统安全运行，防范和化解证券市场风险的规范性文件。为进一步完善风险基金管理制度，适应证券市场发展和结算风险防控需要，有必要对《管理办法》进行修订。
本次修订主要内容如下：一是适应性调整计收范围。根据市场发展情况，将风险基金计收范围明确为证券登记结算机构采用多边净额担保结算方式的证券交易，包括权益类品种、固定收益类品种现券交易及质押式回购业务。
二是下调计收比例。按照各类业务相应结算风险，对风险基金交纳比例实行差异化调整。结算参与人权益类和固定收益类品种现券交易计收比例下调至原有标准的十分之三，质押式回购业务计收比例维持不变。
三是完善风险基金规模相关规定。明确风险基金净资产总额不少于30亿元，达到或超过上述规模后，证券登记结算机构不再提取，已交纳风险基金满一年的结算参与人不再继续交纳。风险基金规模不足30亿元的，下一年度起恢复提取或交纳。新增动态评估条款，要求“证券登记结算机构定期动态评估论证本基金所需规模，并向证监会和财政部报告”。
四是优化投资管理及存放。完善风险基金投资管理方式，明确风险基金的资金运用限于银行存款、购买关键期限国债，以及证监会和财政部批准的其他资金运用形式。同时，明确风险基金应通过竞争性或询价方式选择国有商业银行作为基金的存款银行，限定风险基金投资比例。
五是优化使用程序。落实国务院已对外公布的取消行政许可审批事项的安排，将风险基金使用程序由证券登记结算机构使用前向证监会、财政部报批，修改为证券登记结算机构动用后向证监会、财政部及时报告。
六是丰富管理措施及规定。增加风险基金定期报告规定，要求证券登记结算机构按年报送情况报告；要求结算参与人制定完善内部管理制度，并建立相关技术系统、业务连续性管理及容灾备份机制，有效防范风险；明确责任追究情形，补充细化了垫付、弥补违约交收损失以及技术故障、操作失误情形下动用风险基金涉及的追偿、责任追究等事宜；要求证券登记结算机构应制定风险基金内部管理制度，明确风险基金的计收、管理、使用等事项。
